Platobná agentúra je rozpočtovou organizáciou zapojenou finančnými vzťahmi na rozpočet MP SR. Platobná agentúra je právnická osoba, v právnych vzťahoch vystupuje vo svojom mene, sídlom je Bratislava. Na zabezpečenie výkonu vybraných činností si platobná agentúra vytvára regionálne pracoviská s určeným rozsahom ich činnosti a územným obvodom ich pôsobnosti.